新疆医科大学厚博学院为2003年5月6日获准成立，并根据2004年2月5日教育部教发函[2004]13号文件正式批准，由新疆医科大学举办的一所按新机制、新模式运作，充分依托、发挥新疆医科大学综合办学优势，中西医并重，具有浓郁地域特色的本、专科层次的综合性高等医学院校。厚博学院现有教学管理科、学生管理科、财务管理办公室、综合办公室等4个职能科室，8名工作人员。
新疆医科大学厚博学院现有鲤鱼山和克拉玛依两个校区，是国家教育部确认的独立学院。
新疆医科大学鲤鱼山校区占地300多亩，1期工程共投资1.5个亿，现建有1栋教学楼、1栋学生食堂，2栋学生公寓，总建筑面积达到8万多平方米。其中，形态学实验室、机能学实验室、计算机实验室、语音室、浴室、图书室、学生活动中心已陆续建成并投入使用，学习、生活设施日趋完善。2015年克拉玛依校区投入使用。克拉玛依校区占地2355亩。
