土族基本上全民信仰藏传佛教(格鲁派)。早期的土族,主要信仰原始的萨满教。元末明初,藏传佛教传入土族地区并得到迅速发展,特别是藏传佛教格鲁派的发展尤为迅速,土族地区出现了许多格鲁派寺院,主要有:互助的佑宁寺、华严寺、金刚寺、曼头寺、章嘉寺、天门寺、松番寺、曲隆寺、吉藏寺、却藏寺,大通的广惠寺、平安寺、松布尕寺、祁家寺、诺木齐寺,民和的朱家寺、文家寺、卡的喀寺、赵木川寺、白家寺、赵家寺,乐都的金角寺、扎的寺、山城沟寺,同仁的吴屯寺、年都乎寺和甘肃天祝的天堂寺等,其中以佑宁寺最大,号称“湟北诸寺之母”(青海湟水北部地区)。

  历史上,互助、大通、乐都一带的寺院大都为佑宁寺的分支属寺。佑宁寺建成前两年,今互助一带的“扎的”、“浪加”、“阴加”、“火日”、“华仁”、“觉查”等十三个尕尔哇选出十三个代表,去西藏请求四世达赖喇嘛在这个地区修建寺院,四世达赖云丹嘉措答应修寺,并于万历三十二年派佛子端约曲吉嘉措到互助建寺。

  因寺在郭隆、故称郭隆寺,当时,只有参尼扎仓,嗣后,一世章嘉、一世土观、嘉木样加巴多尔吉又建居巴扎仓,遂成显密双备之寺。

  据说在明末清初,此寺院的喇嘛曾一度增加到六千人,成为青海著名寺院之一。清雍正元年,因寺中喇嘛支持蒙古贵族罗卜藏丹津反清,次年镇压罗卜藏丹津事件中被清军焚毁,活佛及喇嘛多人被杀,致使僧伽恐惧,尽易俗服,逃散各地。至雍正十年,清廷颁令重建并赐名为“佑宁寺”。

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